[InetBib] Mikrobiologie trifft auf Informatik - Forschungsprojekt DiASPora zur Biodiversität von Bakterien erfolgreich im Leibniz-Wettbewerb

["Ostrzinski, Ulrike via InetBib" <inetbib@xxxxxxxxxx>]

Liebe Kolleginnen und Kollegen,

das Forschungsprojekt DiASPora zur Biodiversität von Bakterien war erfolgreich 
im Leibniz-Wettbewerb. Der Name steht für "Digital Approaches for the Synthesis 
of Poorly Accessible Biodiversity Information". An DiASPora beteiligen sich das 
Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen 
GmbH, TIB - Leibniz-Informationszentrum Technik und Naturwissenschaften und ZB 
MED - Informationszentrum Lebenswissenschaften. Die Partner planen, mit 
digitalen Methoden schwer zugängliche, hochrelevante Informationen zur 
Biodiversität von Bakterien zu finden, zusammenzuführen und zu veröffentlichen. 
Der Senat der Leibniz-Gemeinschaft hat auf seiner Sitzung am 26. November 2019 
beschlossen, das Vorhaben über einen Zeitraum von drei Jahren mit rund einer 
Million Euro aus Mitteln des Leibniz-Wettbewerbes zu fördern.

DiASPora zielt auf die verbesserte Integration, Zugänglichkeit und 
Handhabbarkeit von Informationen zur Biodiversität von Bakterien. Dabei werden 
vorhandene Informationen aus einer Vielzahl von Quellen - darunter mehr als 150 
wissenschaftlichen Zeitschriften - gewonnen und aufbereitet. Prof. Dr. Jörg 
Overmann, Wissenschaftlicher Direktor des Leibniz-Instituts DSMZ in 
Braunschweig und Koordinator von DiASPora, erklärt: "Das Projekt nutzt die 
etablierte de.NBI-Datenbank BacDive, um die Daten in maschinenlesbarer Form 
zusammenzuführen und gut zugänglich zu machen. Parallel entwickeln wir neue 
bioinformatische Werkzeuge für multidimensionale Analysen dieser ganz 
verschiedenartigen molekularen, phänotypischen und ökologischen Daten. Damit 
wollen wir letztendlich die Eigenschaften von Bakterien vorhersagbar machen. 
Das Projekt leistet so einen besonderen Beitrag zur lebenswissenschaftlichen 
Forschung in Deutschland."

Im Projekt werden Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler verschiedener 
Disziplinen mit ihren jeweils unterschiedlichen Methoden zusammenarbeiten. Sie 
bringen Kompetenzen aus Mikrobiologie, Informatik, semantischem 
Wissensmanagement, Datenwissenschaften, Software-Entwicklung, Text Mining und 
Bioinformatik mit. So kommen verschiedene, komplementäre Ansätze zusammen: 
manuelle Kuration, Text Mining, Schlussfolgerungen durch bioinformatische 
Methoden und maschinelles Lernen. "Im Projekt werden wir sowohl mit etablierten 
Methoden als auch mit neuen Tools arbeiten, um so die vielfältigen und 
heterogenen Informationen aufzufinden, zu standardisieren und anschließend zu 
verknüpfen", erläutert Prof. Overmann. "Mit der Integration dieser 
Biodiversitätsinformationen durch Digitalisierung und modernste 
datenwissenschaftliche Methoden ermöglichen wir ganz neue wissenschaftliche 
Erkenntnisse und darauf aufbauend letztendlich neuartige praktische 
Anwendungen."

Dabei spielt die semantische Datenvernetzung eine wichtige Rolle, wie Prof. Dr. 
Sören Auer (TIB) erläutert: "Durch den Einsatz von Vokabularen und Ontologien 
werden die mikrobiologischen Daten der BacDive-Datenbank mit Hilfe des Resource 
Description Framework (RDF) in ein maschinenlesbares Format umgewandelt. 
Anschließend werden die transformierten Daten verwendet, um einen 
Wissensgraphen zu erstellen, der innovative Suchmöglichkeiten für die 
Entdeckung neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse und bis dato verborgener 
Datenbeziehungen ermöglicht."

Die Begründung des Leibniz-Senatsausschusses Wettbewerb bescheinigt DiASPora, 
eine zeitgemäße Thematik von großer Bedeutung für die verschiedensten Bereiche 
von Umweltschutz bis hin zum Gesundheitswesen zu bearbeiten. Es sei sowohl 
innovativ und außerordentlich als auch sehr überzeugend. Das interdisziplinäre 
Forschungskonsortium sei als exzellent ausgewiesen, fachlich komplementär und 
verspreche hohe Synergien. Die beteiligten Partnerorganisationen seien 
hervorragend ausgewählt und böten einen herausragend geeigneten 
institutionellen Rahmen. "Wir freuen uns darauf, gemeinsam mit DSMZ und TIB 
dieses interdisziplinäre Projekt durchführen zu können", stellt Prof. Dr. 
Konrad Förstner, bei ZB MED für das Projekt verantwortlich, fest. "Gemeinsam 
haben wir ein einzigartiges Paket von Expertisen geschnürt. Die gemeinsame 
Anwendung von Text Mining der Fachliteratur und bioinformatischen Methoden 
sowie die Überführung der Ergebnisse in maschinenlesbare Formate um den 
Wissensgraphen zu erweitern hat großes Potenzial, unser mikrobiologisches 
Wissen signifikant zu vergrößern."

Die Leibniz-Gemeinschaft fördert im Wettbewerbsverfahren verschiedene 
Programme, die der Erreichung ihrer strategischen Ziele im Rahmen des Paktes 
für Forschung und Innovation dienen. DiASPora wird im Programm 
Leibniz-Kooperative Exzellenz gefördert. In diesem Jahr haben sich 89 
Antragstellende am Leibniz-Wettbewerb beteiligt; 27 Projekte werden in die 
Förderung aufgenommen.

Herzliche Grüße
Ulrike Ostrzinski

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Ulrike Ostrzinski, Dipl.-Bibl., MSc. Communication
Pressesprecherin, Stellv. Leiterin Marketing

ZB MED - Informationszentrum Lebenswissenschaften
Gleueler Straße 60
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